Tot voor kort werden de vleermuizen in twee onderordes ingedeeld: Megachiroptera (grote vleermuizen) en Microchiroptera (kleine vleermuizen). De eerste groep bestaat uit grotere soorten, die zich meestal op het zicht oriënteren en die vaak fruit eten; de vleerhonden behoren hiertoe. De tweede groep bestaat vrijwel alleen uit vleeseters, die zonder uitzondering gebruikmaken van echolocatie. Tot deze groep behoren alle andere vleermuizen. Genetisch onderzoek heeft echter aangetoond dat de families Rhinolophidae (hoefijzerneuzen), Hipposideridae (bladneuzen van de Oude Wereld), Megadermatidae (grootoorvleermuizen), Craseonycteridae (hommelvleermuis) en Rhinopomatidae (klapneuzen) in feite nauwer verwant zijn aan de vleerhonden dan aan de andere kleine vleermuizen. Daarom worden ze nu samen met de vleerhonden in de onderorde Pteropodiformes (ook wel Yinpterochiroptera) ingedeeld, terwijl de overgebleven Microchiroptera de onderorde Vespertilioniformes vormen.